Antigamente, quando a Terra estava em rota de colisão com um meteoro, o Pokémon Lendário Arceus usou seu poder para evitar o desastre. Esse ato fez com que os 16 Pratos ao seu redor se espalhassem pelo mundo. Sem os Pratos fornecendo energia vital a Arceus, ele começou a morrer. Um humano chamado Damon conseguiu encontrar um dos Pratos e o devolveu ao Pokémon agonizante, ajudando-o a se recuperar. Como recompensa, Arceus criou a Jóia da Vida e a deu ao povo da Cidade Michina, exigindo que ela fosse devolvida, mas os humanos recusaram, mantendo a Jóia para si. Na batalha que se seguiu, Damon foi morto e Arceus entrou em sono, jurando punir a humanidade em seu retorno.
Satoshi e seus companheiros chegam à Cidade Michina, onde conhecem Sheena, uma descendente de Damon, que afirma ter a Jóia da Vida e pretende devolvê-la a Arceus quando ele acordar.
A situação toma um rumo inesperado quando Arceus, apesar das melhores intenções de Sheena, permanece implacável. Satoshi deve agora impedir a destruição de toda a raça humana, enquanto a ira de Arceus causa rasgos no tecido do espaço-tempo, provocando o trio lendário — Dialga, Palkia e Giratina — e perturbando o equilíbrio do mundo.