World War III dauerte nur zwei Wochen, bevor er endete. Sowohl Accelerator als auch Hamazura Shiage sind zu den Menschen zurückgekehrt, die ihnen am meisten am Herzen liegen, nachdem sie ihre eigenen persönlichen Kämpfe überwunden haben. Der Frieden ist in die Welt zurückgekehrt, und Academy City setzt seinen normalen Betrieb fort, während Magier sich darauf konzentrieren, die Schäden zu reparieren, die sie während des Krieges erlitten haben.
Doch inmitten dieser Ruhe fehlt jemand. Derjenige, der seine rechte Hand benutzte, um ein junges Mädchen zu retten, und den Verlauf des Krieges änderte: der „Imagine Breaker“, Touma Kamijou. Doch das Verschwinden dieses selbsternannten normalen Oberschülers hat die meisten Teile der Welt kaum beeinflusst, da der vorübergehende Frieden bald durch das Auftauchen neuer Bedrohungen – sowohl Esper als auch Magier – auf der ganzen Welt zerstört wird. Nun müssen die Helden von World War III erneut in den Kampf ziehen, um sich einigen der mächtigsten Feinde zu stellen, die man sich vorstellen kann, um diejenigen zu schützen, die ihnen am Herzen liegen.