Sintiendo ansiedad por lo que le depara el futuro, el estudiante de secundaria Ryouhei Arisu escapa frecuentemente de la vida cotidiana. Después de pasar un rato en un bar, Arisu y sus amigos más cercanos, Daikichi Karube y Chouta Segawa, esperan el primer tren de la mañana. De repente, una brillante andanada de fuegos artificiales estalla en el cielo, y un enorme fuego artificial cegador los deja inconscientes.
El trío despierta de nuevo en el bar, cubierto de polvo, y encuentra la ciudad transformada en un yermo desolado. En lugar de preocuparse, Arisu se siente verdaderamente vivo por primera vez en su vida y saborea la libertad de esta ciudad vacía. Sin embargo, su alegría se ve interrumpida cuando el grupo entra imprudentemente en un recinto festivo. Al ver su comida y su ambiente animado, suponen que es un sueño, sin saber que se convertirá en el escenario de su primer juego letal.
Junto a sus amigos, Arisu se adentra gradualmente en el misterioso reino llamado Borderland, un territorio desconocido donde cada juego pone en peligro sus vidas, e incluso un solo error puede resultar en su muerte.