物語は、対立する二人の英雄、ZET と ALPHAS の対決から始まる。彼らの出自が探求される中で、ZET と呼ばれる超人的な存在へと変身できる若者、Jin Kanzaki と、強い正義感に駆られ、技術を用いて ALPHAS として戦う青年、Kouga Amagi が描かれる。
この二人と彼らの仲間たちの運命は交錯し、人類を護り、Players と呼ばれる怪物を駆逐しようと奮闘する。Players は、Kouga の祖父である Mitsugai Amagi が設立した企業、Amagi Corporation の創造物という皮肉な事実を持っていた。
