荒廃した大地で、特殊な能力を持つ少女たちと、列車の車内に生える木が、残された水源を求めて生き延びようとする。ある日、記憶を失った少年ワカバが彼らの仲間に加わり、日常は一変する。彼らは燃えるような赤い霧の海を渡り、機械的な昆虫が群れる危険な島へと足を踏み入れる。彼らの生存は、自分たちの力と、ケムリグサという謎の光る葉の持つ強力な性質を理解するワカバの異様な才能にかかっている。少女たち、ワカバ、そして無数の飢えた虫たちと共に、ケムリグサはこの見捨てられた世界における最後の生命の兆候である。この世界がどうしてこれほど荒廃したのか、なぜ建物は住人なしで空っぽのままなのかという疑問が浮かび上がる。少女たちとワカバは答えを探し求め、真実はケムリグサの中に隠されていると信じている。