2035 年、日本の研究施設が「バースト」を発生させ、「マター」と呼ばれる、常に拡大し自己複製する物質を生み出した。この物質は、その経路にあるすべてのものを飲み込み、黒部峡谷に残されたダムや軍事施設の跡地を伝って広がっていく。これを海への到達を防ぐために任務部隊が動き、その背後に隠された真実を調査するために傭兵も動き出す。
アiko タチバナはマターから救出され、継続的な医療観察下に置かれる。回復する中で、彼女は折り紙飛行機を折ることに時間を費やしていた。しかし、新しい転校生であるユウヤ・カンザキが彼女の健康に関する奇妙な点に疑問を投げかけたことで、彼女の平和な学校生活は乱される。なぜ彼女は傷つかず、もはや車椅子が必要ないのか。ユウヤは、アiko がバーストを止める鍵を握っており、彼女が知らされている以上の存在だと信じている。
様々な勢力に追われる中、アiko とユウヤはチームを結成し、マターに覆われた峡谷へと足を踏み入れる。緊迫する陰謀の網から逃れるためには、水のように動く強敵と対峙しなければならない。
