『Pokémon: Giratina and the Sky Warrior』において、伝説の反逆者ポケモンであるGiratinaは湖の近くで時空のポケモンDialgaと遭遇し、それを自身の領域である本世界とは異なる別次元へと引きずり込む。この混乱の中で、小さな緑色のポケモンが巻き込まれるが、なんとか脱出する。Dialgaはこの機会を利用して、Giratinaに捕まる前に逃走する。
その緑色のポケモンが偶然にもSatoshiと仲間たちのピクニックを妨害したため、ポケモンセンターに運ばれて治療を受け、そこでの調査により、このポケモンが伝説の恩返しポケモンShayminであることが判明する。テレパシーによってShayminはSatoshi、Hikari、Takeshiに、ある場所へ連れて行くよう求める。目的地を特定する前に、彼らはShayminを捕獲しようとするGiratinaと、謎の人物Zeroによって追われることになる。Satoshiと仲間たちは、迫りくる危険を避けながら、Shayminを意図された場所まで無事に導くことができるのだろうか？
