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古典小説『三国志』の中国・日本合作アニメ。 劉備は、故郷を襲う混乱を鎮めるため、結拜の兄弟である張飛と関羽を伴って旅立つ。僅かな兵力と領土しか持たない劉備は、自らの命を脅かす絶え間ない危険から身を守るため、他の将軍たちの下で従属的な立場を余儀なくされる。

科学者たちは伝説のポケモン、ミュウの化石を用いてミュウツーを創造した。それは自然の境界を超える極めて強力な兵器として設計された存在だった。自意識を得たミュウツーは自らの起源に幻滅し、人間たちの創作者たちへの復讐を決意する。サトシ、ピカチュウ、そして仲間たちはその結果生じた混乱に巻き込まれる。ポケモン世界の未来が危機に瀕する中、このグループはミュウツーの敵意と対峙せねばならず、その存在は自らの目的を見出そうと葛藤している。