白銀武は、幸子香月教授と八代霞の霊能力によって生み出された技術を用いて、自身の住む次元へと帰還することに成功した。ユウコに頼る必要に迫られた武は、人類がベータに対する最後の希望であるアルタネイティブIV計画に彼女と協力して取り組む。プロジェクトが完成に近づくと、武と彼の仲間たちは横浜パイロット訓練校を卒業した。
ベータに対する人類の主要な兵器である新型戦術機用OSのテスト運用中、武と彼の部隊は予期せぬ襲撃に巻き込まれる。彼は生き延びるが、親しい友人の残酷な死により深いトラウマを負う。
戦い続ける意志を保つことに苦悩する武は、別の並行世界へと逃亡するが、そこでも同様の悲劇に直面する。ユウコの理論によれば、異なる世界の個人は同じ運命を共有するという。したがって、武は彼が大切にする人々を守るために、自身のトラウマと向き合わなければならない。