高校生の神田翔一は、大学入試という差し迫った現実と不確かな未来に直面している。その頃、彼の人生には恋愛感情が絡み合うようになり、複雑な思いが表面化し始める。
この重要な時期、翔一は3人の少女と出会う。それぞれが異なる道を示す存在だ。いつも陽気でいたずら好きだが、甘えることもできる常木ひかり。競争心が強く、打ち解けるのに苦労する熱心なゲーマーの宮前透。そして、子供っぽいところがあり、少女漫画が好きな幼馴染の遠野京子。3つの異なるストーリー・アークを通じて、「Seiren」は翔一とこれらの若者たちの関係の発展を追う。彼らの感情は、当初の片思いから、より深い絆へと成長していく。