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2065 年、地球はかつての栄光を失い、荒廃した廃墟と化していた。ファントムと呼ばれる異星人が地球を徘徊し、接触した人間を殺害するか、ゆっくりと劣化させていく。人類の残存を守るため、主要な都市は防護力場によって囲まれていた。この危機において、ファントムを無力化できる神秘的なガイアエネルギーを発見した科学者アキ・ロスと、その師匠であるドクター・サイドは、決定的な解決策を追求していた。ヒューマン・カウンシルと軍事チーム・ディープ・アイズの支援を受け、彼らは計画の実行に向けて準備を進めるが、一部からは疑念の目を向けられていた。アキ、サイド、グレイ、そして仲間たちは、異星人と人類の双方からの脅威に立ち向かい、世界を救うために団結しなければならない。致命的なファントムが最も明白な危険である一方で、彼らの活動に対する人類の抵抗もまた極めて危険であり、見過ごしてはならない。

1. オシリスの最終飛行 オシリスの乗組員は、シオンを襲撃するために準備されている巨大な軍隊を発見する。乗組員の一人は警告をシオンに伝えるためにマトリックスに急行し、残りの乗組員は彼女に十分な時間を与えるために必死に戦い、倒す見込みのない執拗なホードのシンティネルと戦う。 2-3. 第二ルネサンス 第一部・第二部 人類は、自らの知能に匹敵するほど高度な人工知能を開発する。しかし、これらのロボットと人類が平和的に共存しようとする中で対立が生じ、最終的に全面戦争へと発展する。人類は最終的にこの紛争に敗北し、実写映画で示されているようにマトリックス内に囚われることになる。 4. キッドの物語 若き男性は、ロボットがエネルギー源として人間を利用するようにつくった、偽造されたコンピュータ生成の幻覚であることに気づく。ハッカーのネオの援助により、彼は脱出に成功する。マトリックス三部作に基づいている。 5. プログラム シスとドゥオが、封建時代日本の仮想シミュレーションの中で互いに戦う。 6. 世界記録 人生で最速のレース中、チャンピオンの陸上選手がコンピュータ生成の世界から一瞬だけ自由になる。彼が現実に戻ると、その出来事を覚えておらず、老人ホームに収容される。マトリックス三部作に基づいている。 7. 彼方へ 行方不明のペットを探している若い女性が、東京の子どもたちと一緒に、実際にはデジタル世界のバグである「お化け屋敷」の中で遊ぶために参加する。マトリックス三部作に基づいている。 8. 探偵物語 アッシュという名前の探偵が、謎めいた組織に招聘され、悪名高いハッカーのトリニティを追跡する。 9. 移住 科学者たちがロボットを捕獲し、それをシュールなファンタジーの世界に閉じ込める。ロボットの仲間が到着して科学者のほとんどを殺害すると、残りの科学者とロボットは、コンピュータ生成の世界の中で孤立して残されることになる。マトリックス三部作に基づいている。