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『侵略』の出来事の後、大佐のジョニー・リコは、火星の衛星で新しい兵士たちの訓練を任される。しかし、火星生まれの最新の入隊者たちは、自らの惑星がバグの侵略にまだ触れられていないため、戦争への取り組みに対してやる気のない態度を示し、それを無関係だと考えている。一般的に、火星は戦いを続けることに最小限の熱意しか示さず、中には紛争からの撤退を主張する者さえいる。この慢心が、バグによる突然の攻撃という壊滅的な驚きへとつながる。一方、誰も知らないところで、スカイ・マーシャルのアミー・スナップは、権力を掌握するための計画を秘密裏に実行している。

『Starship Troopers: Invasion』は、Bugs が連邦の前哨基地であるフォート・ケイシーへの攻撃を開始することから始まる。高速攻撃艦アレスは、フォート・ケイシーに駐留中の戦艦ジョン・A・ワードンを支援し、生存者を避難させ、地球へ重要な軍事情報を運ぶために出撃する。その頃、超常戦争省の長であるCarl Jenkinsは、アレスと合流する前に戦艦を秘密任務へと導き、近くの星雲へと姿を消す。ベテランのtroopersたちは、予期せぬ暗い結果を招きかねない救助任務を与えられることになる。

Appleseed Alpha は、オリジナルの『アップルシード』映画シリーズの連続性とは独立した完結した物語だが、同じ監督によって制作された。このバージョンでは、ブリアレオスは最初からサイボーグであり、デウナ・クヌートとはオリュンポスで ESWAT に加入するまでの間に過去のつながりは持っていない。物語は 22 世紀におけるデウナとブリアレオスの初期の旅に焦点を当て、荒廃したニューヨークの風景を抜け、理想の都市オリュンポスを目指して進む。この廃墟と化した都市を支配するトゥー・ホーンズは、彼らに二足歩行の戦機を破壊する任務を依頼する。任務遂行中、彼らは独自の目的を遂行中のアイリスとオルソンと出会う。彼らとの絆を深めた後、デウナとブリアレオスはアイリスとオルソンを支援することを決意する。アイリスの任務は、邪悪なサイボーグ・タロスが隠された人類の兵器を入手するのを阻止することだ。しかし、タロスはアイリスを欺き、巨大な戦機を起動させてしまう。