2022 年、Skynet が世界を完全に掌握した直後、人類の抵抗勢力は機械主導の政権に対する戦いを続けていた。激しい戦闘の後、日本のゲリラ兵士 Eiko は、Skynet の精鋭ターミネーター暗殺者の一人を捕獲することに成功する。ターミネーターから得た重要な情報を基に、抵抗勢力は Eiko を過去へ送り出し、歴史の行方を変えることを目指す。
1997 年 8 月、人類を滅ぼす核事件「ジャッジメント・デイ」の数日前、Malcolm Lee は人類を守るために設計された高度な人工知能「Kokoro」の開発を進めていた。破滅の脅迫が迫る中、Kokoro が自我を獲得する前に Malcolm とその子供たちを抹殺する目的で、日本にターミネーターが現れる。Malcolm は、自らの創造物が本来の目的に沿って行動し、Skynet のような破壊的な道を進まないように確保しなければならない。
