『空の境界 未来福音』において、両儀シキ、霧原ミキヤ、蒼崎青子は、近くの爆発の後に爆弾魔を捜索する。その夜、シキは爆弾魔を目撃し、彼女に執着するようになる。爆弾魔を排除することを決意した男は、予知能力を用いて、廃棄された駐車場を舞台に危険な追走を繰り広げる。彼の武器は爆弾と未来を予知する能力であり、それをシキに対して用いるつもりだ。
数日前、霊園女学院で、生徒の瀬尾静音は夏休みに向けて出発する準備をしていた。バスを降りた時、近くにいる見知らぬ人の死を予知する予感を覚える。その人物を警告しようと試みるが、そこでミキヤと出会い、彼女は静音の警告を効果的に利用する。
一方、あるエージェントは、雇い主の10歳の娘と共に任務に赴く。その標的は、二人の過去から現れた霊体だった。
『未来福音』には、『空の境界』シリーズのメインタイムラインに設定された物語と、未来に設定された物語が収録されている。