かつて、星の市民が惑星トキニアを侵略し、人類に壊滅的な打撃を与えた。対抗するため、軍はマジン計画を立ち上げ、人間と異星人のDNAを融合したハイブリッドを創造し、地球への忠誠を保ちつつ宇宙の力を操ろうとした。
軍事基地に閉じ込められていたマジン7号という少女は、星の市民が再び攻撃を仕掛けたことで解放される。圧倒的な力で敵を容易に打ち砕く力を持つ彼女だが、確信のなさや抵抗感を抱えて戦っていた。彼女に自由を得るためには戦う必要があると告げ、励ましてくれた少年ユウリとの出会いにより、残りの侵略者を殲滅する決意を固める。平和を失った世界で意味を求め、二人は旅を共にする。
