かつて忍びが武術の mastery によって日本の平和を維持する半神として崇められていた時代、特定の個人によって禁じられた腹切り儀式が行われ、その魂が金閣寺に保存され、やがて蘇ることを待っていた。時が経つにつれ、これらの忍びの真の歴史は忘れ去られた。高度なサイバーネットとデジタルネットワークが支配する未来へと時を移すと、古代の忍びの魂はネオ埼玉の影を彷徨うようになった。平凡な会社員であるフジキド ケンジは、忍び同士の争いで家族を惨殺されるのを目撃する。死に近づいたケンジは、謎の忍びの霊に憑依される。この苦難から再生した彼は、悪しき忍びを排除し、個人的な正義を追求する復讐の狩人、ニンジャスレイヤーとなる。ネオ埼玉の暗黒街において、ニンジャスレイヤーはソウカイ・シンドケートの悪しき忍びと戦う。
