陸上自衛隊一等陸尉伊丹洋二の尽力により、かつて封じられていた「ゲート」は安全に再開された。日本政府は「ゲート」に対する独占権限を維持することを約束し、特別地域の住民との平和的な関係を確立するための政治的・地理的調査のために自衛隊の派遣を続けている。海上自衛隊一等海佐江島五郎と、その部下である二等海曹徳島肇（元料理人としての才能を持つ）は、そのような外交・偵察任務を遂行し、特別地域の諸国を旅していた。
しかしある日、彼らの任務は予期せず激化する。特別地域の青い海にある島で誘拐されたアメリカ人のジャーナリストを救出するという特別任務を命じられたのだ。
遅滞なく海上自衛隊の大井川型潜水艦「北潮」に乗り込み、彼らは異世界の海へと出航する。そこで彼らが目にしたのは、青い海周辺の地域が混沌に包まれ、島嶼諸国と海賊が支配権を巡って激しく対立している様子だった。
