西暦2089年、最初の宇宙戦争から80年後、人類とゼントラーディの関係は大きく変わり、両種族は地球で平和に共存していた。しかし、太陽系内に異星の種族マルドゥクが現れるという新たな脅威が芽生える。SNNで働く新人記者のヒビキ・カンザキは、UNスペーススパシーとマルドゥク軍の最初の衝突を取材することになる。その遭遇の中で、ヒビキはマルドゥクの戦闘能力を増幅させる歌を歌う「エミュレーター」のイシュタルと出会う。ヒビキはイシュタルを地球に連れて行き、人間の生活や文化を体験させようとする。一方、熟練のバルキリーパイロット、シルヴィ・ゲナと共に、ヒビキとイシュタルはマルドゥクのリーダーであるイングスを倒し、地球の破壊を防ぐ方法を見つけるために協力しなければならない。