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人間と怪獣の二つの魂を宿す女性が極めて稀な世界において、「KAIJU GIRLS」と呼ばれる特別な存在が、普通の人間として現れながら巨大怪獣の莫大な能力を操る。これらの少女たちが力を習得し社会に適応できるよう、国際怪獣レスキュー＆メンタリング機構「GIRLS」が設立された。 最近、三人の若き女性が怪獣の半身の目覚めを経験した。臆病な宮下アキはアギラの魂を、真面目な白銀レイカはウインドムを、元気な牛丸ミクはミクラスを継承している。GIRLS機構に参加した彼女たちは、新たな能力の制御と怪獣的な衝動の処理を学び始める。仲間たちの励ましにより、アギラ、ウインドム、ミクラスはゆっくりと「KAIJU GIRLS」であることの真の意味を理解していく。