文明が頂点に達し、宇宙資源の枯渇によって衰退を迎えた宇宙において、約5000億人の人類が地球への帰還を開始し、地球を巡る支配を争う派閥間の衝突が勃発する。これを受け、権威主義的なガイア制裁が介入し、地球へのさらなる帰還を停止させた。
元々、ガイア制裁の精鋭部隊に所属し、地球防衛を任務としていたキャプテン・ハーロックは、無敵の艦隊を率いていた。しかし、ガイア制裁が特定の外交官グループに地球入植を許可した際、ハーロックは反乱を起こし、外交官たちだけでなく元々の味方たちさえも攻撃した。必死の行動として、彼は暗黒物質を地球に放出し、居住不可能な惑星へと変貌させたが、自身もその暗黒物質に飲み込まれ、不死身となる。
それから1世紀後、ハーロックはアルカディアを指揮し、なおも捕らえられていない。ガイア制裁が地球を支配しつつその真の状況を隠蔽し続ける中、ハーロックは惑星の運命を決定づける最終決戦に臨もうとしている。
