『The Relative Worlds』において、幼少期に母親が不可解かつ突然死したことで、心を開かずに生きてきた Shin Hazama。彼の唯一の心の支えは、父親の雇用主である科学者の娘で、明るく思いやりのある Kotori Izumi だった。高校 3 年生の終わりが近づき、Shin と Kotori は互いに対するより深遠な個人的、そして恋愛的な感情を探り始める。
しかし、Shin の父親の予期せぬ死によって、その新たな絆は打ち砕かれる。その aftermath、Shin と Kotori は並行世界の、技術は進歩しているがディストピア的な日本から来たエージェントと遭遇し、両親の死の真実を突き止めることになる。その一人が Jin であり、彼は機械の戦士 Miko と Niko と戦う Shin の別自我だ。相対する自我の相互接続性ゆえに、Jin は脆弱な Shin を守り、互いの生存を確保しようとすると同時に、彼のライバルであり両親の殺人者でもある Kotoko 姫の鉄の支配を揺るがすために Kotori を排除しようとする。この過酷な現実を前に、Shin と Kotori は迫りくる世界崩壊の脅威に直面しながら、互いへの真の感情と向き合わねばならない。
