50年前、地球は光の巨人ウルトラマンによって救われたが、その後ウルトラマンは姿を消した。ウルトラマンの人間態だったハヤタは、自らの英雄としての行動を記憶していなかった。今や、ハヤタの息子シンジロウは、常人を遥かに凌ぐ並外れた力と回復力を持っている。かつてウルトラマンを支援した組織SSSPがハヤタの過去をシンジロウに明かし、彼が再びパワースーツを装着し、ウルトラマンとしての役割を再開するよう促す。
ある夜、シンジロウはベムラーという宇宙人に襲われるが、父親によって救われる。しかしその戦いで父親は重傷を負う。危険な宇宙人が街を脅かす中、ハヤタは行動できず、新たな守護者としてシンジロウが肩代わりすることになる。ウルトラマンの後継者としてSSSPと協力するシンジロウは、任務の道徳的複雑さに苦しみ、人類を守るためにどこまで踏み込むべきか自問する。
