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神浜市において、激化する戦いが頂点に達する。ワルプルギスの夜が見本市市への注目を向ける中、焦点は胚芽イヴへと移る。まだ不活性なこの人工生命体は、魔法少女たちの運命を解放する能力を持つと噂されている。マギウスの翼がその企ての完了に近づくなか、伊呂里・環はグループを阻止する究極の機会を与えられる。希望が失われつつある中でも、より明るい未来への揺るぎない信仰が、彼女の最後の努力を駆り立てる。その過程で、運命の糸によって改変された物語の記憶を思い出す。

Memory Museum からの危険な脱出の後、美樹さやかはミタキハラ市へ戻り、緊迫した知らせを持っていく。彼女は鹿目まどかと暁美ほむらに巴マミの所在を明かし、魔法少女の運命に関する過酷な真実を明らかにする。彼らに待ち受ける暗い未来を悟り、3 人はマミを一度きり救うために協力することを決意する。 一方、カミハマ市では七海八千代が、マギウスの翼の本拠地であるホテル・フェント・ホープを見つけるため、さまざまな「噂」を調査している。この組織は、環いろはの行方不明に関する八千代の唯一の手がかりだ。ミカヅキ・ヴィラ・チームの再結成を強く望む八千代は、マギウスの翼を解体し、彼らの悪意ある計画を阻止することに執念を燃やす。 これらの出来事が進行する中、危険な脅威が現れ、世界全体を深刻な紛争へと陥れる重大なリスクとなっている。

噂によれば、少女が白い生き物と契約を結べば、最も切望する願いが叶うという。その代償として、彼女は魔法少女となり、人間を襲う怪物魔女と戦わねばならなくなる。 宝塚市で中学生の伊呂里環は、これらの物語が現実であることを知る。魔法のクロスボウと治癒の力を手にした彼女は、魔女が隠す迷宮へと潜入し、それらを討伐する。しかし、伊呂里自身は何を願ったのか思い出せない。奇妙な白い存在キュゥべえでさえ、伊呂里が何を願ったか分からないと主張する。 ある夜、電車に乗っていた伊呂里は、"魔法少女が救われる"と言われている街、神浜市を目にする。そこへ赴くと、その街の魔女ははるかに危険であることがすぐに分かる。ベテランの魔法少女、七海八千代に救出された後、伊呂里は二度と戻らないと誓う。しかし、小さなキュゥべーとの偶然の再会が、かすかな記憶を呼び覚まし、危険を承知で、伊呂里は再びその謎めいた街へと引き込まれていく。