エリート校の私立新龍学園で、スギン・リクは質素な背景ゆえに目立つ存在だった。学費を稼ぐため、複数のアルバイトを掛け持ちしている。RPG『ダンジョン・センチュリー』の熱心なプレイヤーであるスギンは、ゲームを通じてオンラインの友人と親密な絆を築いていた。しかし、その『ダンジョン・センチュリー』が突然サービス終了を迎えたことで、その友人がリクが尊敬する穏やかな少女、レイ・リクであることが判明する。その発見の直後、レイは『ダンジョン・センチュリー』と同じ開発元からリリースされたばかりの課金要素が強いゲーム『グレイブ・バスター』に誘拐されてしまう。レイを救出するため、スギンはこの過酷な仮想世界へと足を踏み入れる。『The Silver Guardian』第2弾は、レイを救い出すためのスギンの使命と、謎めいたゲームの裏に隠された真実を暴く物語に焦点を当てる。