火星探査機が再突入時に分解した後、東京に「古代人」と呼ばれる謎の存在が現れ、破壊を引き起こし、従来の兵器が効かないことを証明した。科学者たちは、これらの敵対的な生物が突然出現し、世界中に混沌を広げていることに困惑している。
希望が訪れるのは、古代人と戦うために特別に設計された先進兵器「MARS スーツ」が誕生した時だ。しかし、それを操作できるのは希少な DNA を持つ者だけである。その数少ない資格を持つ一人が、過去に悩まされる普通の少年、Takeru Hinata である。古代人との戦いに立ち向かうため、Takeru Hinata は、怪物との対峙のために設立された特殊警察組織 AAST の支援を受けながら、自身の内なる葛藤と向き合い、地球の新たな敵の正体を解明しようと試みる。
