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予選での成功を経て、24組のツインズが広大な競技場で厳格な挑戦に挑む。東京湾に浮かぶこの人工島で開催されるのは、ツインズの絆が極限まで試される究極のアスレティック・トーナメントだ。 大会は3つの過酷な障害物コースで構成され、チームワークと人間関係がこれらの過酷な試練によって問われる。 出場資格はツインズに限られるが、「ツインズ」の定義は曖昧なままであり、奇妙な組み合わせも生まれる。過去の大会では、クローン、養子縁組の兄弟、さらには交代で出場するトリプルスなど、議論を呼ぶエントリーも含まれていた。

冬木市において、第五回聖杯戦争が間もなく始まろうとしている。血と死と苦悩に満ちた過酷な戦いの舞台が設けられる。高校生のRin Toosakaは、マスターとしてこの戦いに参加できる熟練した魔術師となるために、すべてを捧げてきた。ServantのArcherを召喚した後、Rinは戦いへの旅路へと踏み出す。 Rinは、友人であるShirou Emiyaもまたこの戦争に関与していることを知り、一時的な同盟を提案する。絆が深まるにつれ、RinはShirouの運命と理想についてより深く理解し始める。しかし、彼女の究極の目的は変わっていない。戦いの勝者の願いを叶える強力な神器、聖杯を手中に収めることだ。