天龍と地龍の対立の最中、予知能力を持つ姫・ヒノトは人類の終焉を予見する。この混乱の中心に立つのは、15歳の神威 朔羅。彼は、惑星を守るために文明を破壊しようとする地龍に味方するか、人類の存続を目指す天龍に味方するかを決断しなければならない。
6年ぶりに東京へ戻り、母の最後の願いを叶えるため、神威は幼馴染の風馬と小鳥の父である京極 夢を擁する寺から聖剣を回収しようとする。しかし、聖剣を入手することは叶わず、謎の人物がそれを盗んでしまう。
予言された人物だと信じたヒノトは、天龍を派遣して神威を勧誘する。当初は拒絶する神威だったが、彼に近しい者たちに対する地龍の執拗な攻撃により、愛する者たちを救うか、地球の運命を決めるかの選択を迫られ、最終的にどちらかの陣営に味方することになる。