物語『Mushi-Uta』は、そう遠くない未来を描く。事件の十年前、謎の昆虫のような存在「Mushi」が現れ始めた。Mushi は人々の夢や思考を喰らい、その見返りに超自然的な能力を与える。第一話の終盤、主人公の薬屋「カッコウ」大介は、少女・安元志衣と出会う。二人は次第に親密になっていくが、カッコウは志衣が、Mushi に感染した者「Mushitsuki」が収容される秘密施設「GARDEN」からの逃亡者であることを知らない。GARDEN の軍事部門である特別環境保全執行局は、志衣を捕獲するため最優秀の暗殺者を派遣する。しかし、彼らは「Ladybird」と呼ばれる謎の人物率いる抵抗組織「Mushibane」の妨害に遭う。
