『少年と獣』において、9歳の孤児であるRenは、最後の親族を失った後、残りの家族に拒絶される。居場所を失ったRenは、複雑な路地裏に身を潜める渋谷に隠れる。彷徨う中でRenは、力強い存在であるKumatetsuと出会い、彼によって神話上の獣の世界であるShibutenへと連れ去られる。
Renに可能性を見出したKumatetsuは、彼を現在の領主が間もなく空けることになる領域の指導者候補の一人として見る。戦闘においてほぼ無敵であるKumatetsuだが、その冷たい性格が弟子を見つけることを阻んできた。しかし、領主の跡を継ぐ資格を示すためには弟子を持つことが不可欠であった。
異なる動機を持ちながらも、Ren(改名してKyuuta)とKumatetsuは互いに助け合うことを誓う。Kumatetsuは認められたいと願い、Kyuutaはかつて一度も持ったことのない帰属意識を渇望する。時が経つにつれ、二人の絆は深まり、互いが予期せぬ方法でどのように助け合っているかが明らかになる。人間の子供と獣との間の隔たりは、かつて二人が思っていたほど広くはないのかもしれない。