深い森の奥で、記憶を失った一人の男が、完全に孤独で混乱した状態で目覚める。彼の混乱は、動物のような特徴を持つ少女クオンと出会ったことでさらに深まる。彼女は彼を巨大なムカデの「boro-gigiri」と謎の赤いスライムから救い、村へと案内する。そこで彼は、地元の歴史上の人物にちなんで「ハク」という名前を授かる。彼は、自分だけが動物の耳と尻尾を持たない村人であることを知るようになる。
クオンが暮らすヤマトへと旅を続ける中で、彼らは様々な人々と出会い、強い絆を築いていく。彼らの知らぬ間に、この旅はヤマトの政治的な対立や内部の葛藤と絡み合っていく。
『Utawarerumono: Itsuwari no Kamen』の物語は、ハクが自らの世界の謎を探求し、赤いスライムの真実を解明しようとし、隣国間の迫りくる戦争を防ごうと奮闘する様を描いていく。