『ようこそ実力至上主義の教室へ』は、高度育成高等学校を舞台としている。この学校は、日本中で高い名声を保ちつつ、生徒に莫大な自由を与えるユートピア的な教育の楽園として自らを装っている。しかし、その磨かれた外見の裏には厳しい現実が潜んでいる。生徒たちは成績に基づいてAからDまでの4つの階級に分けられ、特権的な利益はトップのグループだけに与えられる。
綾小路清隆は、学校の最低成績者向けに指定されたDクラスに割り当てられる。そこで綾小路は、自分が間違って配置されたと確信し、Aクラスへの昇格を決意している冷淡な生徒・堀北鈴音と、人気があり誰とでも友達になろうとする社交的なクラスメイト・櫛田桔梗と出会う。
初期のクラス分けは決まっているが、個人のランクは上位クラスの生徒を凌ぐことで変更可能である。さらに、Dクラスは社会的地位を上げるために用いる戦術に関して制限がない。この容赦ない学園の戦場の中で、果たして生徒たちは困難に打ち勝ち、頂点に立つことができるのだろうか？
