暗黒書事件から10年後、高町なのは、フェイト・テスタロッサ、八神ハヤテは地球での修行を終え、時空管理局の下でミッドチルダの軍魔法師として活動を開始した。空港の大火災を鎮圧した功績が正式に認められなかった後、ハヤテは公共の安全を維持し、危険な魔法遺物であるロストロギアからの脅威に対処するために、ライオットフォース6を設立した。経験豊富なメンバーとして、彼らは新米隊員の中島スバル、蘭斯特・テアナ、ル・ルーシェ・カロ、ミオンダル・エリオの師範となり、厳しい訓練とそれぞれの目標を追求する若き才能を支援する。彼らの献身にもかかわらず、ライオットフォース6はロストロギアを利用する敵や内部の懐疑論など数々の障害に直面し、資源と能力に絶え間ない負担を強いることになる。