猛暑の8月14日、シントラロ・キサラギは電子少女エネとの喧嘩から2年ぶりに屋外へ踏み出した。キーボードに誤ってソーダをこぼしたことで、お盆休みで大半の店舗が閉まっていたため、近くのデパートで交換品を探す羽目になる。屋外に出ることへの強い不安を抱えつつも、コンピュータなしではいられないシントラロ。偶然にも、最初の外出は人質事件が勃発した恐ろしい出来事へと発展する。
幸いにも、シントラロは謎の眼の力を持つ少年少女のグループ、メカクシ団に救われる。彼らの助けにより、シントラロとエネは団の一員となる。メンバーたちの能力はパズルのピースのように互いに噛み合い、個々の物語が明かされるにつれ、彼らをすべて繋ぐ隠された絆が浮かび上がってくる。
