メガゾーン23という領域において、バイクに執着する青年・Shougo Yahagiは、ロック音楽とJ-POPアイドルで飽和した社会に暮らしていた。住民たちは、ポップスターEveを装うコンピュータプログラムに導かれ、平和な生活を享受していたが、その正体は彼らには知られていなかった。Shougoの関心事は主にバイクと、ダンサーになることを夢見る魅力的な女性・Yui Takanakaを追うことだった。
彼の日常は、友人のShinji Nakaharaが秘密プロジェクト「ガーランド」について明かしたことで劇的に変化し、それはバイクからロボットへと変形する機械だった。軍の待ち伏せの後、Shougoはガーランドを奪い取り、街へと逃げ込んだ。Yuiとその友人たちの助けを借りて追手から逃れながら、次第にこの穏やかな社会が実は精巧な幻覚に過ぎないことを知っていく。