Hayato の街は巨大なロボットによって破壊され、両親は攻撃の最中に命を落とした。残された唯一の友は犬の Jack であり、唯一の持ち物は母の靴と、男と女の二人の写真だけだ。父は死の床で、その二人が本当の両親だと告げる。Hayato は、ロボットを仕掛けたとされる恐るべき存在、ゴースト・シップへの復讐を誓う。ゴースト・シップは船を襲い、すべてを抹消しようとするという噂がある。しかし、Hayato は街の大半を所有する Mr. Kurosio が隠していた地下工場を発見し、Kurosio が語っていたことは真実ではないと悟る。海底の城には、恐ろしい存在が潜んでいた。Hayato は人々に真実を広めようとするが、その身は露見を望まない者によって危険にさらされる。そして、Hayato はゴースト・シップの船長によって救われる。Hayato は、自分が追っていた単一の秘密よりもはるかに大きな真実に近づこうとしていた。
