世界最高峰のスポーツ大会「WSG(ワールド・スポーツ・ゲームズ)」の開催を控え、東京では準備が進んでいた。開会式と同じ日、日本の技術の粋を凝らした時速1,000kmを達成可能な最新鋭「真空超伝導リニア」が、新名古屋駅から東京の芝浜駅まで初走行する予定だった。世界中の注目が集まる中、主要スポンサーらが出席するガラパゴスで混乱が発生し、複数の高級企業役員が連続して誘拐される。一方、赤井秀一はFBIからの指示を待つため、状況を厳重に監視していた。
コナンはこれらの事件が、15年前にアメリカ・ボストンで発生し、FBIが捜査したWSG関連の誘拐事件と何らかの関わりがあることに気づく。これは単なる偶然なのか?多様な国際的な来訪者で賑わう東京で、どのような新たな展開が待ち受けているのか。