Kid はカリブ海を漂流する小さな島で育ち、多くの動物の友達に囲まれて幸せな日々を送っていた。しかし、自分が養子であり、実の父親ではないことを知ったことですべてが変わる。死の床にある養父は、Kid の実の父親が七つの海を支配する恐ろしい海賊、キャプテン・モーガンであることを明かす。
真の父親を探すために出航した Kid だったが、キャプテン・モーガンはすでに亡くなっていた。支配者がいなくなった今、他の海賊たちがその称号を巡って争いを始める。その中には悪名高いタイガー・フックもいた。海を守るため、Kid は自らの船で海賊王となることを決意する。
