19XX年、裏切りによって瀕死の重傷を負った後、勇猛な戦士ケンシロウは、婚約者ユリアを誘拐した悪人シンから彼女を救うために、荒廃した終末後の廃墟を旅する。道中、ケンシロウは死の拳法・北斗神拳を用いて、残忍な盗賊たちから弱者を守り抜く。その英雄的な行為はたちまち、暴虐な軍閥や他の有能な戦士たちといった強力な敵の注目を集め、ケンシロウを当初の目的を超えた戦いに引きずり込む。
それぞれの試練が次第に激しさを増すにつれ、北斗神拳の継承者は、最も大切なものを取り戻すために自らの限界を押し広げなければならない。高まる脅威と闇との戦争、特にシンとの対決と南斗聖拳の流派との戦いにおいて、ケンシロウは次第に、放射能に汚染された過酷な世界の守護者となっていく。