キャプテン翼は、サッカーへの深い情熱を軸に生きる小学生少年の物語だ。11歳の大空翼は幼少期からこの競技を練習し、他人にとっては単なる趣味に過ぎないものを、自分自身を飲み込むほどの執着へと変えてきた。
幼少期の夢を追うため、翼は母親と共に、優れた小学生サッカーチームで知られる名門・南葛市へ転居する。過去の成功を収めてはいるが、南葛には厳しい壁が待ち構えており、翼は新たなライバルたちの中で自分を際立たせるために、あらゆる能力と天性の才能を総動員しなければならない。
その道中で、翼は親しみやすい中沢サナエや、抜群の技術を持つゴールキーパーの若林源三といった、ライバルであり仲間となる者たちと出会う。二人ともゲームへの揺るぎない献身を翼と共有し、共通の目標に向かって進む上で不可欠な相棒となる。翼の究極の野心は、FIFAワールドカップで日本代表として戦うことだが、その目標を達成するには、単に天性の才能があるだけでは不十分だ。