呪霊や超自然的な存在が人類を脅かす世界において、呪術師たちは呪術を用いて社会を防衛している。高校生の虎杖悠仁は、伝説の呪霊・両面宿儺の干し指を発見し、危険な争いに巻き込まれる。
指の力によって解放された呪霊の襲撃を受け、悠仁は自衛のために大胆な決断を下す。その結果、呪霊と戦う力を得るが、同時に邪悪な宿儺を再び世に放ってしまうことになる。新たな力を得たにもかかわらず、呪術界は悠仁を排除すべき高リスクの呪霊とみなす。
捕縛され死刑宣告を受けた悠仁は、呪術高専の教師である五条悟と出会う。五条は別の道を示す。悠仁が宿儺の希少な器である以上、彼が死ねば宿儺も消滅する。宿儺の欠片をすべて食べ尽くせば、最終的な処刑によって悪の存在を完全に消滅させることができるのだ。世界を守り、自らの命を延ばす機会を掴み、悠仁は東京都立呪術高専へと身を投じ、過酷で容赦のない戦場へと足を踏み入れる。