ウェールズのメルディアナ魔法学院を卒業したばかりの10歳の魔法使い、ネギ・スプリングフィールドは、行方不明の父である伝説の「千のマスター」を探し出し、「魔法使いの目的は非魔法の世界を助けることである」という「マギステル・マギ」の称号を得るという2つの主要な目標を持っている。最終課題として、彼は日本の中学校で英語を教えるために派遣される。
到着すると、ネギは自分が31人の女子生徒からなる学級担任を任されていることに驚く。生徒の一人、神楽坂あすなが偶然にも彼の魔法の正体を発見してしまう。この秘密が露見したことで、ネギはそれがさらに広まらないように防ぐ必要があるだけでなく、麻帆良学園内外で現れる様々な魔法の脅威に対処しながら、父を探す旅を続けることになる。