物語は、並外れたバスケットボールプログラムで知られ、「奇跡の世代」と呼ばれる5人の天才を生んだ帝光中学校を中心に展開する。彼らの個性的な能力は、最終学年において無敵を誇った。しかし、その圧倒的な自信がグループの分裂を招き、卒業後はそれぞれのメンバーが異なる高校へと進んだ。
アメリカから帰国したばかりの黒子テツヤは、強い仲間を求めて誠凛高校バスケットボール部に入部する。そこで彼は、一見すると平凡な選手に見える黒子哲也と出会う。実は黒子は、奇跡の世代の「幻の6人目」であり、卓越したパス技術でチームの勝利を陰から支えていた、ほとんど見えない選手だったのだ。この新たなパートナーと共に、彼らは奇跡の世代を打ち破り、誠凛を日本高校バスケットボールの頂点へと導くことを目指す。