短くも壊滅的な第三次世界大戦の直後、アクセラレータと浜風紗夜は、それぞれの苦難を乗り越え、最も身近な人々とともに平和を見出していた。平穏が戻り、学園都市は通常業務を再開するが、魔術師たちは戦後の混乱から回復しようとしていた。
しかし、この静寂のただ中で、一人の重要人物が行方不明になっていた。右の手で戦局を決定づけた「幻想殺し」の上条当麻だ。その重要性にもかかわらず、自称・平凡な高校生である彼の失踪は、世界の至る所でエスペと魔術師から新たな脅威が現れ、脆い平和がすぐに崩れ去る中で、ほとんど注目されなかった。再び、第三次世界大戦の英雄たちは、自分たちを愛する者たちを守るため、強力な敵と対峙せざるを得なくなる。