『Psyren』において、自信に満ちた高校生で、人々を助けるために様々なアルバイトをしているアゲハ・ヨシナは、電話ボックスの中で「Psyren」と書かれた奇妙な名刺を見つけ、その重要性に気づかずにいる。ある任務を終えた後、彼はそれを持ち帰る。翌日、彼のクラスメイトであるサクラコ・アマミヤも同じ名刺を持っていることに気づく。彼が彼女に問いただすと、彼女は彼の助けを乞い、二人の危険な旅が始まる。混乱が深まる中、サクラコが突然姿を消したことでアゲハの恐怖は増幅する。答えを求めて、彼は名刺に書かれた番号にダイヤルし、謎の声に問いかけられる。そして恐ろしい質問が投げかけられる。「Psyren へ行きたいか?」。これが、アゲハとサクラコが、PSI と呼ばれる超能力のみを頼りに、モンスター「タブー」が跋扈する奇妙な世界を生き抜き、現実世界へ帰還するための死闘の始まりである。