高校生のTetsu Misatoは、内気だが真面目な少年だ。父の家事代行事業で新しい仕事をすることになり、幼い頃から憧れていた豪邸へと赴く。広大な敷地には、奇妙な病気を抱えるため、家族の隠れた娘であるShizu Karasawaが世界から隔絶して暮らす、静かな庭と小さな建物が存在した。
建物の近くでの掃除作業中、Tetsuは予期せずShizuと出会う。その後の訪問を通じて、二人は絆を深めていく。Shizuは、奇妙な病気のせいで人間との接触を断たれ、長年この建物に閉じこもっているとTetsuに語る。
Tetsuが通い続けるにつれ、Shizuへの想いは強まっていく。しかし、自分の感情の深さに気づいた時、彼女の病状の真の原因を知る。「Ohayou, Ibarahime」は、超自然的な病気に覆われた姿の奥にある、本当のShizuを解き明かすTetsuの旅を描く。彼は彼女を助け、その過程で自身の心も癒やしていく。