いじめに遭いやすい高校生の武藤遊戯は、自室でボードゲームやパズルに没頭する夜を過ごしている。ゲームへの愛着は、彼と同居しゲームショップを営む祖父に由来する。
ある夜、古代のミレニアムパズルを解いたことで、遊戯は隠されていたもう一人の自分、闇遊戯を目覚めさせる。極度のストレスに陥った時、遊戯はこの大胆で恐ろしい別人格へと変貌し、いじめっ子や悪行を働く者たちを高リスクのゲームに挑ませる復讐の化身として振る舞う。負ければ深刻な代償を課されるのだ。
遊戯とその闇の相棒は、かつて自分たちを苦しめた者たちの中に仲間を得ていく。彼らは新たな仲間たちと強い絆を結ぶが、やがて彼らの前に、学校いじめよりもはるかに危険な敵が立ちはだかる。ゲームを悪意に歪めて利用する者たちが、遊戯と友人たちの命を危険にさらすのだ。