遥か昔、巨人と呼ばれる人型の生物が現れ、その巨大な体格と人間の肉への食欲によって人類を脅かした。生き延びるため、人類は巨大な壁を築き、その囲いの中に安全な世界を創り出した。
この孤立した世界では、平和が何年も続き、巨人の襲撃は一度も確認されていなかった。エレン・イェーガー、ミカサ・アッカーマン、アルミン・アルレルトという三人の若き友人は、未知の物語に触発され、壁の向こうの世界を探求することを夢見ていた。しかし、その夢は60メートルにも及ぶ超大型巨人が防衛線を突破したことで打ち砕かれ、彼らの置かれた状況の過酷な現実が露呈した。壊滅的な被害を目の当たりにしたエレンは、すべての巨人を絶滅させることを誓い、壁の向こう側で人類に自由を取り戻すことを決意する。