コードネーム「タイムライト」は、ウェスタリス出身のトップスパイであり、ウェスタリスと隣国オスタニアの間で戦争を勃発させる可能性のある事件を防ぎ、平和を維持するために任務を遂行している。次の任務では、有能なオスタニアの政治家ドノヴァン・デズモンドに関する情報を収集するため、エデン学園に潜入し、家族を装う必要がある。
「ロイド・フォージャー」という偽名を使い、タイムライトは心を読む能力を持つ孤児のアーニャを迎え入れ、6歳の娘として演じさせる。妻には、社交界での関係を満たすために恋人を演じているサラリーマンのヨル・ブライアを選んだ。ロイドには知らされていないが、ヨルは実は凄腕の暗殺者「トーン・プリンセス」であり、この結婚は彼女にとって理想的な隠れ蓑となる。アーニャもまた、ロイドとヨルには知られていないが、秘密の実験によってテレパシー能力を与えられたエスペルである。
新しい両親の正体を知ったアーニャだが、二人がともに秘密の作戦員であることを知り、とても喜んでいる。彼らの秘密を守り、この偽装を継続させる。スパイ・ファミリー「フォージャー家」として、ロイド、ヨル、アーニャはそれぞれの目的を追求しながら、その仮面を保ち続けなければならない。彼らの交流を通じて、家族は血のつながりを超えた存在になり得ることを理解していく。