最後の記憶の中で、岩水なつは家族と過ごす大切な食卓を思い出す。しかし目を覚ますと、沈みゆく船の上にいた。そこには、親切さだけでなく短気さでも知られる阿太嵐、なつの照れ屋な様子にからかう相馬春丸、そして状況の重みを理解する熟練者の早乙女ボタンという、見知らぬ三人の姿があった。彼らは協力して脱出し、無人島へとたどり着く。
彼らには知らされていないが、この謎めいた土地は実は終末後の日本だった。隕石の衝突により人類は絶滅し、地球の生態系は変貌を遂げていた。地球の再生を図るため、政府は「7 Seeds」プログラムを開始し、春、夏A、夏B、秋、冬の5つのチームを送り出した。各チームは7人の逞しい若者と、ガイドから成り立っている。なつとそのクルーは夏Bに所属し、社会のアウトサイダーと見なされていた。
彼らの生存は、7つの政府シェルターのいずれかを見つけて物資を確保することに依存している。見知らぬ支援もない危険で異質な世界において、この4人は互いに協力して生き延びる方法を学ばねばならない。