『Bloom into You』において、小糸侑は恋愛漫画や恋愛ソングが大好きで、いつか自分自身の心から湧き上がる恋愛を体験することを夢見ている。しかし、現実は何度でも侑を失望させる。中学校の頃、クラスメイトから告白されたが、侑は全く感情が湧かなかった。その経験から、侑は自分には恋をする能力がないと確信してしまう。
その後、生徒会室に向かう途中、侑は生徒会長の七海深々が、優雅に告白を断る姿を目撃する。深々の冷静さに感銘を受けた侑は、彼女にアドバイスを求める。驚くべきことに、深々は次に侑に告白し、侑は言葉を失い、心臓が早鐘を打つ。
『Bloom into You』は、愛を見つけ、経験を通じて成長していく旅を描く。侑はついに、ずっと待ち望んでいた恋愛物語を見つけることができるのだろうか?